Qoʻqon xonligi davrida ilm-fan taraqqiyoti sezilarli oʻsgan. XVIII-XIX asrlarda Qoʻqon ilmiy va maʼrifiy markazga aylangan. Xonlikda 20 dan ortiq madrasalar faoliyat koʻrsatgan. Olimlar matematika, astronomiya, falsafa va fiqh sohalarida asarlar yaratgan