Polipeptidlar eruvchanlik jihatdan farq qilganligi uchun, aralashmalardan maxsus usullar bilan ajratib olinadi. Bu usullarga fraksion dializ, taqsimlanish xromatografiyasi, adsorbsion xromatografiya, elektroforez va boshqalar kiradi. Polipeptid-larning tuzilishini aniqlashda, uning uchlaridagi guruhlarni aniqlash muhim ahamiyatga ega