Qizilqum iqlimi kontinental bo'lib, qishi sovuq, yozi issiq, quruq, ser quyoshdir. Shimoliy qismi ochiq bo'lganligi sababli Arktika va Sibir sovuq va quruq havo massasi tez-tez ta'sir etib turadi. Natijada, qishda okrug sovib ketib, izg'irinli sovuqlar vujudga keladi